BioTIME 2.0: expanding and improving a database of biodiversity time series

Dataset

Description

Here we make available a second version of the BioTIME database, which compiles records of abundance estimates for species in sample events of ecological assemblages through time. The updated version expands version 1.0 of the database by doubling the number of studies in the database, and includes substantial additional curation to the taxonomic accuracy of the records, as well as the metadata. Moreover, we now provide an R package (BioTIMEr) to facilitate use of the database.

We include here:

SQL file of the database - biotime_v2_sql_15April25.sql
RDS file of the query combining raw data with species names - biotime_v2_query_15April25.rds
csv file for metadata information - biotime_v2_metadata_15April25.csv
csv file of citations - references_biotime_v2_15April25.csv
text file of BIB text citations - BIB_biotime_v2_15April25.csv.txt
for issue of version 2.0 of the BioTIME database
Date made available2025
PublisherZenodo
  • BioTIME 2.0: expanding and improving a database of biodiversity time series

    Dornelas, M., Antão, L. H., Bates, A. E., Brambilla, V., Chase, J. M., Chow, C. F. Y., Fontrodona-Eslava, A., Magurran, A. E., Martins, I. S., Moyes, F., Sagouis, A., Adu-Acheampong, S., Acquah-Lamptey, D., Adam, D., Ajani, P. A., Albaina, A., Almaraz, P., An, J., Anderson, R. S. & Anderson, M. J. R. & 465 others, Antunes, A. Z., Arismendi, I., Armbrecht, L., Aros-Mardones, P., Ashtamoorthy, S. K., Ayyappan, N., Badihi, G., Bailey, J. J., Baird, A. H., Baird, M. E., Balakrishnan, S. V., Barão-Nóbrega, J. A. L., Barash, A., Barbosa, M., Barlow, J., Bässler, C., Beaumont, M., Beenaerts, N., Begot, T. O., Beiroz, W., Beldade, R., Bell, D. M., Bellgrove, A., Belmaker, J., Benedetti-Cecchi, L., Benkwitt, C. E., Berkum, P.M.-V., Bestelmeyer, B. T., Betts, M. G., Billah, M. K., Bjorkman, A. D., Błażewicz, M., Bloch, C. P., Blowes, S. A., Bode, A., Bogoni, J. A., Bolger, T., Bonebrake, T. C., Bonsdorff, E., Bottarin, R., Brokensha, L. N., Brooker, R. W., Brooks, A. J., Bruelheide, H., Bueno, T. A., Laguionie, C., Campagnoli, M. L., Cant, J., Caramaschi, E. P., Caron, A., Carroll, T., Caruso, T., Carvajal-Quintero, J., Castaldelli, G., Castañeda-Moya, E., Castilho, P. V., Cechin, S. Z., Chaikin, S., Chandrashekara, U. M., Chase, T. J., Chen, C. A., Cherem, J. J., Choi, S.-W., Christensen, E. M., Christianini, A. V., Chu, J. W. F., Coad, P., Van Colen, C., Comte, L., Cooper, E. J., Cornelissen, J. H. C., Cosson, E., Cotano, U., Crevecoeur, L., Crow, S. K., Cumming, G. S., Daga, V. S., Damasceno, G., Daskalova, G. N., Davies, C. H., Davis, R. A., Day, F. P., De-La-Zerda, S., Deacon, A. E., de Castro-Arrazola, I., Degraer, S., Deonarinesingh, K., Diaz-Ricaurte, J. C., Dickman, C. R., Dirilgen, T., Dolan, C. J., Duffy, J. E., Dunn, T. E., Durigan, G., Dwyer, C., Earl, S., Edelist, D., Edgar, G. J., Edmondson, S., Elgin, A. K., Ellingsen, K. E., Elmendorf, S. C., Eriksen, R. S., Ernest, S. K. M., Escribano, R., Eterovick, P. C., Evans, B. S., Everett, J. D., Evtimova, V., Exton, D. A., Fairbairn, A. J., Fantacini, F. M., Farah, F. T., Farneda, F. Z., Favila, M. E., Fernandez-Fournier, P., Fernández-Zapata, B., Ferreira, D. F., Ferronato, C., du Feu, C. R., Fidelis, A., Fifield, D. A., Filho, V. P., Filho, W. M., Fitt, R. N. L., Flechtmann, C. A. H., Fraser, W. R., Fraser, D. L., Freixas, L., Fryxell, J., Fundakowski, G. J., Gabara, S. S., Gallois, E., Criado, M. G., García-Berthou, E., Garrabou, J., Gates, A. R., Gatti, R. C., Gavioli, A., Gavriel, T., Gendreau-Berthiaume, B., Giam, X., Gjerdrum, C., Glemnitz, M., Godbold, J. A., Gómez-Gras, D., Gonçalves, R. B., Goold, A., Gordon, R. R., Goren, M., Goulart, F. V. B., Gould, W. A., Grabowski, M. M., Graham, N. A. J., Graipel, M. E., Grange, L. J., Greenville, A. C., Grossman, G. D., Guinder, V. A., Haase, P., Haskins, G. N., Havstad, K., Hermanutz, L., Hickford, M. J. H., Hidalgo, P., Higuchi, P., Hoey, A. S., Van Hoey, G., Hofgaard, A., Holeck, K. T., Hollister, R. D., Holmes, R. T., Hoogenboom, M. O., Hortal, J., Horton, T., Hsieh, C.-H., Huffard, C. L., Huikkonen, I.-M., Hurlbert, A. H., Hynes, J., Irz, P., Macedo Ivanauskas, N., Iwayama, A., James, D. K., Jandt, U., Jażdżewska, A. M., Jocque, M., Johnston, S. T., Jones, S. E. I., Jones, F. A. M., Jones, J. A., Jucevica, E., Kagainis, U., Kagami, M., Kang, J., Ke, X., Keeley, E. C., Kinnear, R., Klanderud, K., Klinck, U., van Klink, R., Klotz, S., Knockaert, C., Knutsen, H., Koivula, M., Kortz, A., Kriegel, P., Kuo, C.-Y., Kushner, D. J., Kyerematen, R., Lagarde, R., Lancaster, L. T., Landau, O. F., Van Landuyt, W., Larson, E. R., Lazarus, M., Lee, C. M., Lefcheck, J. S., Lembrechts, J. J., Ferreira de Lima, R. A., Lima, R. G., Lima, N. G. S., Linares, C., Lindstrom, S. C., Lloret, F., Lloyd, J. D., Lobato, C. M. C., Lodge, D. M., Long, P. R., López-Abbate, C., López-Baucells, A., Louzada, J., Louzao, M., Lugliè, A., Luiz, M. R., Macdonald, S. E., Madin, J. S., Magalhães, A. L. B., Mahabir, R., Maphisa, D., Martin, T. E., Martins, M., Martone, P. T., Matesanz, S., Matsuzaki, S.-I. S., Matthews, T. J., Matthews, I. M., Maxwell, C. J., McFarland, K. P., McGill, B. J., McKnight, D. M., McWilliam, M. J., Meador, J., Meesenburg, H., Meier, K., Melecis, V., Meserve, P. L., Meyer, C. F. J., Michelsen, A., Miiller, N. O. R., Milardi, M., Milchakova, N., Miller, R. J., Millett, J., Moens, T., Montag, L. F. A., Moore, J., Müller, J., Murali, A., Murray, S. A., Myers-Smith, I. H., Myster, R. W., Nakamura, M., Nayar, S., Neat, F., Nelson, J. A., Nelson, M. P., Nikolov, B. P., Nouioua, R., Nsor, C. A., O'Connor, M., Obodai, E. A., Offland, A. M., Ogaya, R., Ogura, H., Okey, T. A., Olden, J. D., Oliveira-Santos, L. G. R., Oliver, J. C., Olsen, E. M., Onipchenko, V. G., Oro, D., Ozolins, D., Pabis, K., Padedda, B. M., Palacio, F. X., Paquette, A., Pardede, S. T., Paterson, D. M., Pausina, S., Pélissier, R., Pennings, S. C., Penuelas, J., Pereira, F. W., Peroni, N., Picó, S., Pilotto, F., Pinheiro, H. T., Pizarro, O., Pizzolotto, R., Pomati, F., Pompeu, P. S., Ponton, D., Post, E., Poulet, N., Pöyry, J., Presley, S. J., Prins, H. H. T., Provoost, P., Prudic, K. L., Punjayil, V., Pyšek, P., Querner, P., Quimbayo, J. P., Ramnarine, I. W., Reed, D. C., Reich, P. B., Remillard, S. M., Richards, C., Richardson, A. J., van Rijn, I., Rivera-Monroy, V. H., Rixen, C., Robinson, K. P., Rocha, R., Rodrigues, R. R., Rodrigues, C., de Roos, B., de Rossa-Feres, D. D. C., Rosselli, L., Rothlisberg, P. C., Rubio, A., Rudstam, L. G., Ruz, C. S., Rybicki, N. B., Van Ryckegem, G., Rypel, A. L., Sadler, J. P., Saito, V. S., Sal, S., Salomão, R. P., Sanders, N. J., Santos, F. A. M., dos Santos, T. G., Sarker, S. K., Scanga, S. E., Schaub, M., Schmidt, J., Schmidt, I. K., Schooley, R. L., Schultz, A., Scotti, A., Serpell-Stevens, A., Serrano, F. C., Shadwick, E. H., Shaft, M., Sherry, T. W., Shimabukuro, E. M., Siciński, J., Sievers, C., da Silva, F. R., da Silva, A. C., Silveira, J. M., Siqueira, T., Sivadasan, A. K., Sivan, P. T. P., Skuja, A., Slaughter, A. L., Slingsby, J. A., Smith, J. R., Soares, B. E., Solan, M., Souza, F. M., Souza, G. B. G., Sprague, J. L., Stachow, U., Stadt, J. J., Stallings, C. D., Stanchev, R. H., Stanley, E. H., Starzomski, B. M., Sterza, J. M., Stevens, M., Stiles, F. G., Stoll, S., Stuart-Smith, R. D., Súarez, Y. R., Super, L., Supp, S. R., Sutela, T., Suthers, I. M., Suuronen, A., Swadling, K. M., Szydlowski, D. K., Taki, H., Taylor, S. J. S., Tedesco, P. A., Teichert, N., Terui, A., Thiede, G. P., Thimonier, A., Thomas, O., Thompson, P. A., Thorn, S., Tiemann, J. S., Toledo, L. F., Tolvanen, A., Toniato, M. T. Z., Torre, I., Tortato, M. A., Totsu, K., Trant, A., Twilley, R. R., Urabe, H., Valade, P., Valdivia, N., Vallejo, M. I., Valone, T. J., Vanaverbeke, J., Vasconcelos, T. S., Vehanen, T., Venturoli, F., Verheye, H. M., Vermeulen, H. J. W., Verstraeten, A., Vianna, M., Vieira, R., Vieira-Alencar, J. P. S., Vilella, M., Vitule, J. R. S., Van Vu, L., Waide, R. B., Warren, P. S., Wayman, J. P., Webb, S. L., Weigel, B., Welti, E. A. R., West, F., Westermann, F., Whalen, M. A., White, E. P., Widdicombe, C. E., Williams, R., Williamson, M., Willig, M. R., Wipf, S., Woehler, E. J., Woldering, A., Woods, K. D., Xu, W.-B., Yahel, R., Yang, Z., Zawada, K. J. A., Zornosa-Torres, C. & Zvuloni, A., May 2025, In: Global Ecology and Biogeography. 34, 5, p. 1-18 18 p., e70003.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

    Open Access
    File

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